巡抚衙门和三司之间的关系就是领导与被领导的关系，明初的时候，承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司负责一省的民政、司法和军事，互相不统摄，直接对朝廷负责，各司其职，被称之为三司，但是这种格局，延续的时间长了，很多的问题就暴露出来了，如政令难以得到统一等等，后来皇帝派出京官出巡各省，被称之为巡抚。
巡抚位在三司至上，可以直接节制三司。
巡抚本是临时的设置，但到了德宗的时候，明确为定制。
也就是说，巡抚是一省实际上的最高领导人。
所以朝廷一般将巡抚称呼为封疆大吏。
至于说三边总督、五省总督、蓟辽总督这些职务，是战时才设置的，临时统管多省的军事事宜，有些时候也可以管理民生事宜，事情完毕之后，一般都是回京复命。
从这个程度上面说，二十一岁的郑勋睿，成为了陕西最高领导人。
这样的安排，不管从哪个角度来说，都不是很合适，郑勋睿过于的年轻，在众人看来，是缺乏署理政务的经验的，治理延安府和延绥各地的时间不长，不可能有充足的经验，偏偏陕西和其他的地方比较起来，更加的复杂。
以兵部左侍郎负责剿灭流寇事宜的郑勋睿，在即将取得最后胜利的时候，突然被调整到陕西巡抚的位置上面，这本来就会引发众人的好奇，要知道若是真正能够剿灭流寇，那就不是一般的功劳了，年轻的郑勋睿，可能会凭着此等的功劳，直接成为六部尚书，进入朝廷高层的，这将是轰动朝廷乃至于大明的事情，但出任陕西巡抚，那就是吃力不讨好的事情了。
在这样的情况之下来到西安，郑勋睿是非常谨慎的。
其实在到达西安府城的第一天，郑勋睿就派出了郑家军的斥候，深入到府城各处，以及西安周边的地方去秘密调查，主要是了解西安府城目前存在哪些困难和问题，什么问题是最需要马上解决的，其次就是官府是不是存在问题，官吏是不是有压榨百姓的事宜。
郑勋睿的思路非常的清晰，想着一口气解决陕西所有府州县存在的问题，那是不现实的，必须要抓住重点，首先解决西安府城存在的问题，将巡抚衙门、三司治理好了，接下来才可能考虑解决其他地方的问题，解决问题必须有轻重缓急，眉毛胡子一把抓，什么事情都做不好。
派出斥候调查的同时，郑勋睿和徐望华两人几乎每天都会商议，面对斥候侦查到的诸多情报，反复的商议，看看用什么办法能够解决的最好。
徐望华幕僚的身份已经明确，当初郑勋睿想着为徐望华请功，但徐望华拒绝了，表示在郑勋睿的身边做幕僚，就是最好的安排。
徐望华这个幕僚，和一般的幕僚可不一样，郑锦宏、杨贺、洪欣涛、洪欣贵、洪欣瑜等郑家军的高级军官，都知道徐望华不一般，平日里就很是尊重，就连卢象升和刘泽清等人，也知道徐望华的身份不一般，见到之后都是抱拳行礼的。
和郑勋睿相处的时间长了，徐望华也知道郑勋睿是真正尊重自己的，这种尊重不是花架子，两人之间也会因为某个问题产生争论，甚至是互相怄气，但最终两人都服从一点，那就是谁说的是正确的，就按照谁的执行，徐望华和徐光启相处的时间很长，对徐光启是非常敬佩的，但在郑勋睿身边不到两年的时间，有了更多的感触，愈发感觉到徐光启的识人能力是不一般的。
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