成为了内阁首辅，钱士升雄心勃勃，作为内阁之中资格最老的大臣，能够到内阁首辅的职位之上，也算是功德圆满了，当然钱士升很明白，他这个内阁首辅，想着安安稳稳的过日子是不行的，他所承担的职责完全不一样。
大明朝廷面临太多的问题，开封府城的陷落，让不少问题直接暴露出来，譬如说各地赋税的欠额越来越大，户部所能够收取到的银子数量不断的减少，包括大明最为富庶的南直隶等地，因为郑勋睿的坚持，将漕粮抵作了赋税，上缴的银子也是不多的，其余地方就更不用说了，但朝廷的开销越来越大，辽东辽北需要稳定，需要防御后金鞑子，山海关驻军的军饷开销巨大，皇上和朝廷为了能够剿灭流寇，开征剿饷，让老百姓的负担愈发的大了，而剿灭流寇的开销更大，动辄就是百万两以上的白银。
不过皇上和朝廷面临最大的问题，还是郑勋睿和郑家军。
钱士升能够出任内阁首辅，与郑勋睿有着很大的关系。
皇上将郑勋睿和郑家军视为眼中钉肉中刺，欲除之而后快，可惜的是郑勋睿和郑家军的实力过于的雄厚，朝廷不敢轻举妄动，更加要命的是，后金鞑子的侵袭和流寇的造反，让皇上和朝廷根本没有精力去专门对付郑勋睿和郑家军。
钱士升出任内阁首辅，就是要帮助皇上解决这个最大的问题，也就是将主要的精力放到对付郑勋睿和郑家军方面，至于说后金鞑子和流寇，只要暂时能够稳住，拖一拖都没有多大的关系，想想流寇造反十多年时间了，没有闹翻天，至于说后金鞑子，侵袭辽东和辽北的时间就更长了。
钱士升上任之后，第一件事情就是收拢内阁的权力，周延儒担任内阁首辅的时候，内阁次辅以及内阁大臣全部都有票拟的权力，而且主持内阁商议重大事情，也是轮流转的，谁主持某一次内阁的会议，就能够对此次商议的事情票拟，这样内阁首辅的权势被极大的削弱，钱士升不会允许这等情况的出现，他专门给皇上写了奏折，要求还是由内阁首辅主持内阁商议诸多的事情，内阁次辅予以协助。
钱士升做的第二件事情，就是在朝廷之中巩固东林党人的根基，原则上五品以下的官员，内阁商议基本就能够确定下来，皇上的精力有限，不可能关心所有官员的任命，能够把握住五品以上官员的任命就很不错了，在内阁多年的钱士升是明白此中奥妙的，故而他巧妙的利用内阁商议官员任命的事宜，安排了很大一部分东林党人出任七品、八品甚至是九品的官员。
可不要小看这些品阶不高的京官，他们往往是做具体事情的，熟悉政务，且有着丰富的经验，基本是部门的骨干，将这些有能力的人笼络到周围，就有了足够的实力。
第三件事情，钱士升明确了剿灭流寇以及防御后金鞑子的战略战术，在剿灭流寇方面，兵部确定的十面埋伏、四正六隅的作战部署，依旧坚持，只不过在具体执行的时候，出现了重大的变化，由迅速的剿灭流寇，到逐渐的封堵和削弱流寇的实力，待到时机成熟之后予以最终的打击，在防御后金鞑子方面，主要是稳固关宁锦防线，放弃修筑大凌河城的想法，尽量的保证辽东和辽北的稳定。
钱士升的所有奏折，皇上几乎都准奏了，特别是在巩固和集中内阁权力方面，或许内阁出现了长时间的波动，让皇上感觉到内阁若是不能够团结，那就做不好任何的事情，或许是司礼监慢慢掌控了大权，已经能够限制内阁，成为了皇上主要的帮手。
当然，钱士升提出来的这些奏折，都是在充分思考和揣测皇上心思的情况之下提出来的，朝廷已经准备将主要的经历放到对付郑勋睿和郑家军方面，其他的方面自然要削弱一些。
东林党人与郑勋睿是死对头，故而在对付算计郑勋睿和郑家军的事情上面，钱士升不遗余力，钱士升不笨，他知道皇上利用东林党人与郑勋睿博弈，他也知道东林党人的实力是比不上郑勋睿的，这样做的后果，是东林党人付出惨重的代价，不过只要有皇上的支持，只要能够让东林党人逐渐凝聚起来，积攒足够的实力，只要能够逐渐的掌握到权力，总有一天，东林党人将有着足够的力量影响朝廷，实力甚至超过如今的郑勋睿和郑家军。
将欲取之必先与之，熟读史书的钱士升很明白这个道理。
为了能够落实诸多的事情，钱士升异常的繁忙，内阁之中的侯询是他最为得力的助手，黄士俊、孔贞远和贺逢圣等人，看清楚了内阁的现状，也逐渐靠拢到他的身边，至于说内阁次辅陈新甲，主要的精力依旧放在兵部，这让钱士升能够很快的整合内阁。
按照规矩来说，内阁大臣的总人数应该在七人到九人的规模，如今只有六人，至少需要增加一人，不过钱士升暂时压下了这件事情，内阁人数越多，权力越是分散，这对于他来说是很不利的。
对待司礼监的态度方面，钱士升同样很灵活，他迅速与司礼监大太监王承恩建立起来关系，甚至放下身段专门去拜访王承恩，还送去了厚礼，对曹化淳、高起潜和王德华等司礼监太监，钱士升也是高看一眼。
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