当然这个过程之中，朱由检完全可以站在一边，坐山观虎斗，朱由检启用东林党人，就是想着让东林党人来完成这一切的，若是东林党人与他郑勋睿爆发了大规模的冲突，两边斗得你死我活的时候，朱由检就需要站出来了，将他郑勋睿和东林党人全部都收拾了。
朱由检的想法是很好的，这也是帝王心术，很可惜朱由检面对的郑勋睿，是不折不扣的穿越人士，对于这些下三滥的勾当非常清楚，早就做好了一切的准备。
就在皇上调整了内阁之后，郑勋睿对南京的六部和淮北的漕运总督府也开始了大规模的调整。
南京兵部。
郑勋睿手中拿着一份文书，这是他决定对南直隶和陕西等地所做出的调整建议方案。
徐望华、郑锦宏、文坤、李岩等绝对心腹，和他一同商议这个方案。
“皇上对内阁进行了大规模的调整，我们也要对南京六部、都察院、淮北漕运总督府和陕西等地的官吏进行大规模的调整了，这次调整的重点，就是上下对应的问题，南京是大明的陪都，设立的官府机构太多，权力过于的分散，这不利于南直隶的发展，必须要做出改变。”
“我个人的意见，南直隶、陕西、山东、浙江、江西、福建等地，暂时成为一个整体，以南直隶、山东和陕西为重点，构建一套班子，辐射其他的地区，这些地方所有政令的实施，以南京兵部下发的敕书为准，至于说朝廷下发的敕书，包括皇上的圣旨，必须经过南京兵部的商议，同意之后再行实施，若是得不到南京兵部的同意，那就束之高阁。”
“南京兵部成立一个参谋部，类似于朝廷内阁，由徐望华、郑锦宏、文坤、李岩、孙承宗等五人组成，今后所有有关南直隶等地的重大事情，包括各级官吏的任命，由这个参谋部负责商议，拿出可行的方案，最终由我来决定。”
“诸位请注意，我说的这个参谋部，可以否决皇上的圣旨，可以否决朝廷的敕书，至于说朝廷对南直隶等地官吏的调整，必须经过参谋部同意，若是得不到参谋部的同意，那不管是什么样的圣旨和敕书，都是无效的。”
“郑家军隶属于南京兵部指挥，郑家军调动一兵一卒，需要我的同意，由总兵郑锦宏发布命令，否则任何人都不准调动郑家军，驻扎在陕西、蓬莱、复州等地的郑家军，更是要严格执行这道命令，任何人违反这个规定，严惩不贷。”
“南直隶的应天巡抚、凤阳巡抚、苏嵩巡抚等官职，继续保留，但不插手地方上的事物，没有了具体的权力，所有的政事均由应天府尹、凤阳知府、苏州知府和松江知府等负责，日后朝廷若是调整南直隶的官吏，应天巡抚等官职就给他们去折腾去。”
“南直隶卫所军队全部撤销，由各地的守备衙门和巡捕房负责地方上的治安事宜，南京京营暂时保留，其驻扎的军队，人数缩减至一万人的规模，主要负责南京皇城的守卫事宜，其所有开销由南京兵部负责，南京皇城的锦衣卫撤销，其职能有南京京营负责。”
“陕西逐渐撤销卫所军队，其防卫同样由地方守备衙门和巡捕房负责，至于榆林边军、宁夏边军等等，暂时不动，等到时机成熟之后再行调整，但军队人数上面要做明确的限制，开销方面也要做出来压缩。”
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徐望华等人听的非常仔细，神情也是异常的严肃，郑勋睿做出来的这些决定，在皇上和朝廷看来，已经是造反了，仅仅是表面上维持皇上和朝廷的领导，不过事情到了这一步，郑勋睿做出诸多的决定，也是顺理成章的。
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